地球并不只是人类的天下，其实有1500名外星人生活中我们当中，而星际移民局则处理和外星人相关的事情。纽约普通警察爱德华兹因缘际会之下加入了这一组织，成为MIB的一员，代号J，从此没有名字、没有身份，成为特警K的搭档。J应对的第一起事件就是…

K和J双人组是FBI所属的一个非正式情报单位的刑警，他们的任务就是监督外星人在地球上的活动，任何外星人如果图谋不轨，就会被这两位身穿黑色西装的特警歼灭。然而在一联串调查未登记外星人访地球记录时，K和J竟发现银河中的恐怖份子正秘密的行动准备刺杀另一星球的大使。由于这个举动将引起宇宙间的征战、世界将面临崩溃，K和J必须在地球被外星人渣毁灭前找到这批恐怖份子。K和J这对黑白搭档就带著巨大无敌枪到处对付奇形怪状的外星人，结果却笑料百出，他们到底能不能完成任务呢？