时王，退幕之日；零一，诞生之日。绝对不可以交汇！2019年，世界已经被人工智能修码吉亚统治，身处不同世界的假面骑士零一和假面骑士时王奇迹般地相遇了。虽然他们都是为了拯救世界，但二人最终是会携手战斗还是相互为敌？父亲的梦想、儿子的梦想……当各自的想法发生碰撞之时，未来究竟会怎样…！？

故事发生在被天空之壁分为三区块的创骑的世界，竟然出现了艾克赛德世界的敌人——崩源体：为何不该出现在这的敌人会来到这世界？面对神秘敌人而毫无应对方法的战兔，一个身体半边被金属覆盖的神秘男人出现在他眼前。自称科学家的男人启动了巨大的机器，上空出现了倒立的另一个世界。

身份不明的游戏病毒生命体来袭，人类将陷入前所未闻的危机。以恐怖的趋势扩大感染中，天空寺尊（假面骑士灵骑）也因为感染上这种病毒，失去了变身的能力。另一方面宝生永梦（假面骑士艾克赛德）追查敌人的真面目及感染源，但那正左右他自身的命运的“重大的真实”有着连系关系。被堵住去路的艾克赛德与灵骑。谁能在这穷途末路的危机下拯救这两名假面骑士及人类们，那么，只有那些男人们。

很久以前，在某个岛屿上有一对鬼兄弟，他们带领鬼族向人们发起了攻击。人们奋力反抗，但总是失败。鬼兄弟拥有一块被称为“鬼令”的石头，拥有神奇的力量。在某次战役中，一位姑娘用弓箭把“鬼令”劈成了两半，成功地击退了鬼族。随着岁月的流逝，到了19世纪80年代。一位叫佑的东京少年，因为失去母亲，他从东京来到了住在乡下的奶奶身边。从小在城市长大的佑无法适应乡下的生活，总是被同学欺负。他希望有一天能再次回到东京，结果在无意中被一群可怕的家伙袭击了。关键时刻，天津四和新电王出现，救下了佑。因为时空的错乱，当年的鬼族再次出现