未来世界资源枯竭，人类派出承载最后希望的殖民星舰“昆仑山号”前往宇宙深空，探寻生存之路。漫长未知的航行使得章诚舰长和船员们都渐渐被负面情绪左右，颠覆想象的危机也悄然而至。在深空绝境中，生存成了最高优先级。内忧外患下，他们能否绝处逢生？人类火种，能否达到彼岸？

星际联邦的大敌克林贡帝国因为连年争战，经济及生态环境破坏殆尽，一位克林贡领袖遂在进取号星舰的护送下前往地球谈和，中途却遭到阴谋份子暗杀，并且嫁祸进取号…

进取号星舰遨游在太空，在人类和外星人中间传播好意，同时也在防范敌对星球有可能的攻击行为，因为有迹象表明，星际联盟的老对头罗木兰星球有可能发起新一轮的攻击。皮卡德船长和他的船员们也在小心翼翼的观察着事态的进展，时刻准备投入战斗...

乔·克雷顿是一名来自地球的宇航员，在一次执行任务的时候遇上虫洞开启，遂被虫洞吸走。乔被吐出后，他已经置身于另一个遥远的星系。在那里，他结识了一班好朋友，还有爱侣——维和者爱伦。时逢刀疤族企图统治宇宙，他们与“宇宙警察”维和者激战正酣。谣传克雷顿能造出具有毁灭性力量的“虫武器”，所以双方人马都想抓到克雷顿造出武器。克雷顿深知这种武器的杀伤力之大，也明白这两边都不是正义之师，他不想被人利用，于是东躲西藏疲于奔命。克雷顿带着爱伦躲到了人迹罕至的圣水星上，在得知爱伦怀孕之后，两人准备结婚。不料被当地的埃多兰后裔袭

2285年，在与可汗的战斗中损坏的联邦星舰进取号，返回了地球的太空港以进行维修。柯克还在为史波克的死感到悲伤。麦考伊医生出现了种种异常的行为：如擅自闯入被封锁的史波克原来的舱房、胡言乱语等，最后他被送进了医院进行精神检查...