故事发生在距前作十年之后的2035年，人类世界归于重建，巨型

本作品舞台设定于前作一万二千年后的世界。作为普通市民的阿玛塔‧空，在播放《Aquaria舞动于空》的戏院中遇到看一次就迷上电影的御子乃‧铃白，二人后来亦因为这个话题而开始到城中闲逛。这时候，Altair界向他们生活的城镇进行两年来几乎没有停过的攻击，不同的是今次出现了新型Abductor，令人类一方——由圣天使学园学生操控的机械天使Aquaria没法招架。战火很快波及到刚刚认识的二人，阿玛塔在危急关头使用身体潜在的Element能力飞走，却又突然被Aquaria系统选中为Vector Z驾驶员……终焉所引

在对抗外星人的入侵并成功封住虫洞的十年后，人类从废墟中站起来。他们忘记了恐惧，纵情狂欢，其中便包括斯特克·潘特考斯特将军的儿子杰克。在一次偷到废弃机甲零件的过程中，他偶然遭遇以一己之力组装迷你机甲的少女阿玛拉。此后，在姐姐森麻子的安排下，杰克和阿玛拉莫玉兰基地接受机甲驾驶员的培训工作。与此同时，总部位于上海的邵氏集团，在总裁邵丽雯的主持下，正致力于以无人机甲取代传统机甲。就在这关键时刻，一个与复仇流浪者极其相似的黑色机甲突然出现，并向人类展开了无情杀戮。

影片讲述了千年前的古埃及公主阿玛内特因权力欲望走上黑暗之路，被反抗者制作成木乃伊深埋黄沙之下，千年以后阿玛内特公主得以重返人间，她决定运用自己的黑暗力量夺回失去的一切的故事。

在南美某个安静祥和的小镇，少年阿玛迪奥痴迷于酒吧里的桌面足球，他出色的技巧赢得了女孩劳拉的放心，也击败了高傲自大的少年格罗索。此去经年，孩子们都已长大，阿玛迪奥依然不改对桌面足球的喜爱，即使劳拉即将去外地念书他也找不到合适的言辞应对。这一天，早已成为国际球星的格罗索突然高调返回，他买下小镇，并准备在此修建奢华的宇宙星河球场。格罗索不顾相亲的反对，率先推翻曾让他蒙受耻辱的酒吧，更带走了劳拉。阿玛迪奥痛哭流涕，谁知木头做的桌面足球队长突然活了过来。面对这群肩作战多年的老战友，阿玛迪奥似乎鼓起拯救劳拉和小镇的决