怀有足球梦想的主人公风祭将，本来考上了足球名校—武藏森学园并进入了足球社，不过因为身高问题一直待在三军，后来由于不甘心不能成为正式球员，就毅然决然的转学到樱上水中学，但是转过去后发觉学校足球社并不强大，而后又因为误会而被社上学长们排挤，此时社上足球顶尖的水野龙也伸出了援手，并以队长做赌注，用足球赛打败了学长们；在水野龙也成为足球社队长后，与风祭将展开了复兴足球社的计划，之后又遇到了佐藤成树、不破大地、小岛有希等朋友的加入与帮助，于是就此展开了一段友情与成长的故事。

为了治疗因核辐射产生病变的人群，赛亚公司派出特勤小队到废弃的实验室寻找疫苗，谁知疫苗成功的关键是要牺牲队里唯一的女队员。在大家的努力下，疫苗研制成功。但队长偷走了疫苗，于是，众人沿着队长留下的痕迹，追了下去。

承接上一部的故事，杨来西依旧为抗日事业贡献着他的力量。杨来西带领抗日小分队，积极为新四军运送物资，刺探情报。利用情报，新四军在江边夜战取得了全面胜利。杨来西为一个伤兵送信到浙东抗日根据地，让马队长提前知悉了日军的阴谋，想出“空城计”吓退了日军。加入新四军后，杨来西跟随杨队长参与作战，成功击杀准备潜逃的日本军官。后来，杨来西跟随浙东游击纵队通过红色通道北撤，他发誓，一定要将日本鬼子赶出中国。

渐渐习惯了现代生活的美国队长史蒂夫·罗杰斯，在一次行动后隐隐嗅到神盾局内部所弥漫出来的凶险气味。而当得知神盾局正秘密进行的“洞察计划”后，他更为此感到愤怒。某天，神盾局指挥官尼克-法瑞遭到一群武装分子袭击，他拼尽全力将一支U盘交到美国队长手中，这里面藏着该局二战以来最重要且最可怕的秘密。在此之后，美国队长因涉嫌杀害尼克而遭到前局长亚历山大·皮尔斯的通缉和追杀，逃亡中他得到黑寡妇和退伍老兵“猎鹰”的帮助。他们必须争分夺秒解开神盾局的秘密，阻止“洞察计划”的施行……