东都、西都、北都的战争结束后，在潘多拉魔塔内建立起了新政府，各都由三位都长管理。然而这三位都长却在就职演讲上扬言要歼灭创骑，一场新的危机降临了，战兔最后的实验开始了！

在火星上发现的神秘潘多拉魔盒引发了天空之壁的惨剧，巨大的天空之壁将日本分为东都、西都、北都三个部分。而在东都出现了被称为“猛击者”的未知生命体，不断袭击东都的市民。保护市民免受“猛击者”侵扰的就是由天才物理学家桐生战兔所变身而成的假面骑士创骑。战兔和龙我等人在追查猛击者的过程中，将一步步揭开隐藏在身边的惊天阴谋！

故事发生在被天空之壁分为三区块的创骑的世界，竟然出现了艾克赛德世界的敌人——崩源体：为何不该出现在这的敌人会来到这世界？面对神秘敌人而毫无应对方法的战兔，一个身体半边被金属覆盖的神秘男人出现在他眼前。自称科学家的男人启动了巨大的机器，上空出现了倒立的另一个世界。