薄雾笼罩的京都，一起攸关日本国家安全的大事件即将发生。一艘疑似装载爆炸物的可疑船只靠近舞鹤湾。通过对船上相关数据和零部件的勘察判明，该船很大可能来自海外。此消息一出，立刻引起全日本上下的恐慌。就在同一天，江户川柯南、毛利小五郎、毛利兰以及少年侦探团的各位一同观摩海上自卫队组织的对空作战演习，他们史无前例地登上了宙斯盾舰穗高号，与全国各地聚集来的孩子们一起，被装备了电子武装的高科技宙斯盾舰带来的巨大魄力所震撼。谁知演习中突发意外，原本虚拟的作战瞬间变成真枪实弹的杀戮。不久，海面上漂浮着的失去左臂的自卫队队员

赫拉克勒斯是天神宙斯与底比斯王后所生的儿子。半人半神的他，自幼在凡尘中成长，饱受人世间的各种磨难。在误杀家人并完成十二件赎罪苦差之后，身心疲惫的他背弃诸神，以血腥残酷的战争麻醉自己。六名与他有相似经历的战友，将战争及死亡视为乐事。他们从不问为何征战，亦不会问要杀的是什么人；只在乎有多少奖金。这群悍将，受色雷斯国王邀请，要为他训练出史上最强的军队，与另一暴君作战。在重赏之下，他们欣然受命；但透过训练新军，他们终觉悟到自己罪孽深重，因此决定踏上充满荆棘的救赎之路……

持续旅行的小智一行人，来到了被丰富自然的河川环绕的城镇米季纳。这个城镇里拥有数千年前的遗迹，小智等人在巨大的岩山上朝遗迹前进。突然，遗迹附近的湖刮起了水龙卷并向小智等人逼进，就在快被龙卷风卷入时，随着“帝牙卢卡，拜托了！”的声音出现了一名女性。下一刻，撕开空间的帝牙卢卡出现了。这位名叫“希娜”的女性，是遗迹的守护者，拥有与神奇宝贝心灵相通的能力。在希娜的邀请下，让小智他们使用时空仪来说明有关帝牙卢卡、帕路奇犽、骑拉帝纳的空间，并说起了在米季纳关于被称为诞生一切的幻之神奇宝贝“阿尔宙斯”的古老传说…。