天才黄金脑神之谜是以解谜为题材的原创动画，舞台是私立学院学员高等部，主人公是对谜题十分着迷并自信逢谜必破的高一学生大门。有一天，他受到学生会长邀请，同青梅竹马少女野叶一起前往学校附近的遗迹解“不能解开之谜”，原来这是一个由神秘智能集团制造出的能危机人类生命的“贤者之谜”。可是热爱解谜的大门硬要作出挑战，在得到某件“物件”之后，大门即被点名成为所谓的“解答者”。从此，他就与野叶和其他充满个性的解答者一起挑战潜藏于世界各地的“贤者之谜”。

奇门派和五毒派为江湖两大门派。两大门派为了“皇家龙种花落谁家”而各施其法，误打误撞地揭发了企图让皇帝得不到子嗣而待其驾崩后坐上皇位的皇叔的阴谋。皇叔派出潜伏在皇后身边的五毒派弟子秀明试图毒害皇嗣，而秀明却阴险狡猾另有企图，对皇叔并不忠心，趁机为己谋私利。反而奇门派的多美，为人善良，大大咧咧，总是乐从天降，化险为夷，更对权势亳不留恋，倾心于英俊勇猛的萌笨直男侍卫太阳，二人合力化解皇叔之乱，不恋名利，欢天喜地浪迹天涯......