故事紧承上一部展开。在丈夫为保护家人牺牲后，伊芙琳不得不独自带着孩子们面对全新的生存挑战。他们将被迫离开家园，踏上一段未知的旅途。在无声的世界里，除了要躲避“猎声怪物”的捕杀，铺满细沙的道路尽头还暗藏着新的危机。

故事主轴以马雅人的2012/12/21末日预言贯穿。末日不如预言发生，但是贪婪的人类对自然和社会的无度需索，予取予求，终于有一天新能源厂事故，造就人类自食恶果，文明毁灭。以小男孩找到一把吉他作故事的开端，和爷爷在人类亲手造成的末日前夕相逢。爷爷想着自己不会弹吉他而错过了某些人生与爱情，打电话给过去的自己，希望改变这个过去的事实，进而改变生命，让走到末路的人类文明起死回生。“诺亚方舟”演唱会共以五大主题串联，从“末日：2012不是预言”、“留恋：时光静止的那一年”、“笑忘：如果还有明天”、“第一天：追寻第二

有一天众多企业在米花市政大楼，共同进行了一种新的游戏“茧”的成果发表会。玩家可透过这个游戏，进入虚拟世界中，体验实地游玩游戏的快感。r但是在这个同时，汤玛斯辛多拉董事长基于某些动机，杀害了工藤优作的朋友樫村忠彬，后来被揭发罪行。r在另外一边正式启动的“茧”，被泽田弘树所开发的诺亚方舟程式入侵，使整个游戏变成了一场生存游戏。眼看着未出局的人数越来越少，柯南如何挽救50个人的性命呢？......

2031年，人类试图阻止全球变暖的实验失败，极寒造成地球上绝大部分生命死亡。在冰河灾难中幸存下来的所有人登上了一辆如同诺亚方舟的列车，列车依靠永动机绕着地球不停行驶。在这列车厢有着等级之分的列车上，饱受饥饿之苦、生活在恶劣环境的末节车厢的人们在革命领袖Curtis的带领下，为了生存一节车厢一节车厢的向前突进，掀起了一场向车头进军的“革命”……

本作讲述雷顿的女儿卡托莉艾露与会说话的狗夏洛、助手诺亚一起经营雷顿侦探社，解决发生在伦敦的各种不可思议的事件。虽然这份工作最初的目的是寻找父亲的下落，但由于异想天开的思考解开了各种谜题成为话题，各种各样的委托也随之而来。

故事主轴以马雅人的2012/12/21末日预言贯穿。末日不如预言发生，但是贪婪的人类对自然和社会的无度需索，予取予求，终于有一天新能源厂事故，造就人类自食恶果，文明毁灭。以小男孩找到一把吉他作故事的开端，和爷爷在人类亲手造成的末日前夕相逢。爷爷想着自己不会弹吉他而错过了某些人生与爱情，打电话给过去的自己，希望改变这个过去的事实，进而改变生命，让走到末路的人类文明起死回生。