这一次蝙蝠侠一边要阻止小丑犯罪，一边要抚养罗宾长大，而且，为了保护哥谭市的安全，蝙蝠侠不得不从一个独行侠，变成善于“团队合作”的城市警察。

万圣节前夕，前夫兰迪的一通电话打破了艾米丽原本安静规律的生活。自这天起，艾米丽开始收到一些奇怪的短信：“看见我了吗”，之后便真的能在各种地方看到一个小丑在跟她打招呼。恰逢万圣节临近，艾米丽向任何人说起自己看见小丑，被小丑跟踪，换来的要么是一笑置之，要么就是各种无端的猜测。没有人相信真的有这样一个小丑的存在。但是，艾米丽却每天诚惶诚恐，几近崩溃。最后，她终于鼓起勇气正面应对，却在万圣节当晚遭遇了意想不到的事情…

电影讲述了刚参加工作的心理医生玛丽，希望治愈患有严重心理疾病的杀人犯马克，却引发马克继续杀人，玛丽最终意识到自己的错误，及时觉醒并解救了即将被马克杀死的亚力山德拉。玛丽遇到的第一个病人就是马克，目睹了主治医生亚力山德拉对待马克的态度后，在强烈的同情心和职业道德的驱使下，玛丽决定用自己的方式拯救马克。但她的行为违反了院方规定，被发现后，医院决定开除她，救人心切的玛丽在情急之下，私自释放了马克，并和他一起逃至小旅馆，此时她才渐渐发现，马克已病入膏肓，她根本无法控制他，在杀害了旅馆前台小姐后，马克又将黑手伸向了

为了拯救濒危的大海，三名小丑经历了很多次冒险。坏小姐Control和邪恶博士D.R.还特意建起一间实验室来不断破坏小丑们的拯救行动。最终谁会成功呢？

罪恶丛生的哥谭市，疯狂的小丑带领恶棍军团展开新一波的犯罪活动。对他来说，犯罪以及引来宿敌蝙蝠侠是无比快乐的事情，可是猛男蝙蝠侠不仅轻松解决掉这群小坏蛋，还根本不将小丑放在眼里。蝙蝠侠的无情言语，深深刺痛了小丑的心。在此之后，孤独的蝙蝠侠收养了罗宾，看上了美丽的女警长芭芭拉，只不过他始终拒绝别人走入他的内心世界。另一方面，自尊严重受挫的小丑从天空监狱找来了霸王龙、迅猛龙、索伦、伏地魔、金刚等史上著名的大坏蛋，他要狠狠地打击自高自大的蝙蝠侠……

影片延续前作剧情，故事从“小丑”亚瑟（华金·菲尼克斯 饰）被捕后展开，他在狱中等待着审判日的到来。然而，就在亚瑟与自己的双重人格缠斗之时，他不仅偶遇真爱，甚至还释放出一直潜藏在内心的旋律。