故事发生在第一部的四年之后，此时特警K已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J则继续从事MIB的工作。卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把 “萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的K为了地球的安全，拒绝了她。面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻找k，调查当年事件的真相。

月球最高监狱，穷凶极恶的伯格罗多星人鲍里斯越狱逃亡。他在1969年犯下邪恶罪行，最终被年轻的K 砍掉一只手臂，送入监狱。此次他逃脱的目的，就是穿越时空杀死K。与此同时，J 和K一如既往处理各种外星人引起的混乱，因对鲍里斯的案件三缄其口，两个好搭档心生隔阂。

朝歌，纣王初见妲己，倾国倾城。桃花树下，妲己为父亲之事暗自垂泪，纣王为博妲己一笑，赦免苏家灭族之罪。姜皇后站在阁楼望月哀思，泪两行。姜皇后不计前嫌救醒中毒的妲己，妲己脑中闪过虿盆崖边云溪说的话，愧疚难当。皇后放妲己离去，话里透着玄机。一群神秘黑衣人浩浩荡荡出现在昏迷的君亦辰身边，动机不明。妲己从黑衣人手中抢回君亦辰。君亦辰在虿盆崖失去过多阳气，妲己为帮他疗伤，去往妖族地界-虹崖。妲己轻车熟路走进一间当铺，一只豹子应声而出。妲己耍诈偷走豹子贴身暗藏的元气珠，豹子暴走。妲己给君亦辰服下元气珠，愤愤不平的申公豹

四位侦探通过对神秘电话的追踪和调查，成功解救了小亨，但钻石却落入黑衣人之手。他们跟着黑衣人来到柢酷星球，却发现柢酷星球此刻正在遭受一群怪鸟的侵袭。侦探们调查后发现这些鸟类来自蓝塔星球，木木豆四人又来到蓝塔星球，发现这里的居民正在遭受怪水的困扰。四人经过几番勘察，终于发现了白色怪花——曼陀罗的秘密。四人根据白色曼陀罗的线索，一路追踪来到塔拉海。经过几番周折，终于剿灭了黑暗组织在海底的秘密基地。